En un estudio realizado por laboratorios y centros del sur del país, en el que intervino la Universidad Nacional de Tierra del Fuego (UNTdF), el Centro Austral de Investigaciones Científicas (CADIC-CONICET) y el Hospital Regional de Ushuaia, científicos y científicas obtuvieron 57 nuevos genomas de SARS-CoV2 de pacientes de la Patagonia.
Se trata del trabajo realizado en el nodo de secuenciación más austral del Consorcio Interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos del SARS Cov 2, creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, a cargo de Roberto Salvarezza.
La iniciativa es coordinada a nivel nacional por la Dra. Mariana Viegas (Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez), y está constituída en nodos de grupos de investigación de diferentes instituciones para secuenciar el genoma y realizar estudios genómicos del SARS-CoV2 que aporten datos sobre la circulación local del coronavirus.
En este caso fueron investigadores patagónicos provenientes de distintas instituciones que hallaron 57 nuevos genomas de pacientes regionales, aunque el estudio sirve de aporte al conocimiento local y a la base de datos global de circulación viral GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data).
Un consorcio interinstitucional, en nodos
Entre los objetivos del Consorcio Interinstitucional se encuentran la secuenciación de los genomas circulantes de SARS-CoV2 en distintas regiones de nuestro país, el análisis a gran escala de secuencias, ensamblado de genomas, análisis filogenéticos y filogeográficos, epidemiología y evolución molecular, y estudios de correlación clínica.
En la Patagonia, el equipo de trabajo está conformado por los Dres. Santiago Ceballos, Ivan Gramundi, Cristina Nardi y Fernando Gallego, con la colaboración del Dr. Daniel Fernández en el análisis de datos.
Los otros laboratorios y centros de salud que aportaron muestras y los datos clínico-epidemiológicos de los pacientes, así como aportaron a la discusión de los resultados aquí presentados son: Laboratorio de Salud Pública de Tierra del Fuego y Laboratorio de Hospital Regional (Ushuaia, provincia de Tierra del Fuego): Ivan Gramundi, Manuel M Boutureira, Gabriel A. Castro, Carina De Roccis; Laboratorio Central de Neuquén, Ministerio de Salud (Neuquén, provincia de Neuquén): Luis Pianciola, Melina Mazzeo, Beatriz Carolina Pinto, María Cecilia Ziehm y Laboratorio MICROBIOM (General Roca, provincia de Río Negro): Silvana Cecchi.
Linajes virales
En esta etapa del trabajo se buscó cumplir con el primer objetivo propuesto en el proyecto PAIS, que es identificar los linajes virales presentes en nuestro país que han ingresado a través de los pacientes con antecedente de viaje a zonas afectadas e identificar el establecimiento de clusters de transmisión locales. Para ello el periodo de análisis en esta etapa corresponde a los primeros meses del brote en Argentina, marzo y abril, más tres casos de mayo de relevancia epidemiológica de Tierra del Fuego.
El muestreo
Para el caso de la provincia de Tierra del Fuego, se seleccionaron entre 1 y 3 casos confirmados por cada cluster epidemiológico de acuerdo al tamaño de los mismos y 7 casos sin nexo epidemiológico con el fin de representar la totalidad de los casos. Cuando fue posible, se seleccionó el caso índice de cada cluster según indicado por el análisis epidemiológico.
De los 12 cluster epidemiológicos identificados con 122 casos en total se seleccionaron un total de 24 muestras, mientras que de los 12 casos sin nexo se seleccionaron un total de 7 para secuenciar.
Para el caso de las provincias de Neuquén y Río Negro, se seleccionaron 26 muestras pertenecientes a personas con resultados de hisopados nasofaríngeos confirmados para la Covid-19, por Laboratorio Central de la provincia del Neuquén, con residencia en la provincia de Neuquén y Río Negro. Corresponden a personas cuyo diagnóstico confirmatorio se realizó en el periodo comprendido entre 13/03/2020 y 28/04/2020. Los criterios de selección fueron: el antecedente de viaje a zonas de transmisión viral (exterior y otras provincias de Argentina), el antecedente de contacto con un caso confirmado previamente, o la mala evolución clínica con o sin fallecimiento del paciente.
En total, se obtuvieron un total 57 secuencias de SARS-CoV-2 provenientes de muestras clínicas de pacientes con la Covid-19 distribuidos en tres provincias de la Patagonia Argentina: 22 secuencias de Neuquén, 4 secuencias de Río Negro y 31 secuencias de Tierra del Fuego.
En este estudio en provincias patagónicas “se analizaron el 20% de los casos de la provincia de Tierra del Fuego (período comprendido entre el 04 de marzo y el 25 de mayo) y el 23% de los casos de la provincia de Neuquén (período comprendido entre el 10 de marzo y el 28 de abril). Durante este período se observaron múltiples introducciones en cada provincia y la posible formación de clusters de transmisión local en las distintas regiones. Sin embargo, si bien en algunos casos se observaron los mismos linajes entre las provincias o regiones patagónicas analizadas, éstos tendrían orígenes independientes y una evolución particular en cada región geográfica.”
