El Ministerio de Salud anunció la compra de un equipo de última generación que permite garantizar el diagnóstico, la secuenciación genómica, la vigilancia epidemiológica y la vigilancia zoonótica -ambas en tiempo real-, la confirmación y el monitoreo de reinfecciones, y el monitoreo de la adecuación de las fórmulas vacunales para SARS-CoV-2.
Se trata de un nuevo equipamiento de la empresa Illumina, que incluye una plataforma robótica, un equipo de secuenciación de nueva generación con alta capacidad de generación de secuencias y una infraestructura informática para estudios de epidemiología genómica, metagenómica e inteligencia artificial a gran escala.
El monto invertido asciende a 992.600 USD y es la única unidad de estas características en la región.
El dispositivo de secuenciación CovidSeq posibilita la generación de 360 GB de información de secuenciación en 12 horas. Esto genera, por ejemplo, 3 mil genomas de SARS-CoV-2 en 24 horas de operatividad, lo cual admite el estudio genómico a gran escala y a tiempo real.
Para que estos estudios puedan ser escalables, el equipo de secuenciación está asociado a una plataforma robótica que permite la obtención de material genético de distintas muestras clínicas y el procesamiento posterior en una etapa pre y post amplificación del material genético. Esta plataforma robótica puede ser programada para diversos usos, que permiten escalar también el diagnóstico molecular de la institución.
La secuenciación genómica es la única tecnología que permite la confirmación de reinfecciones. La magnitud de la pandemia COVID-19 y sus medidas de mitigación a nivel social, ponen de manifiesto, la urgencia por obtener una vacuna segura y efectiva en tiempo récord.
La genómica es además indispensable para el seguimiento de la diversidad de las regiones del genoma como candidatas vacunales a un nivel de precisión de nucleótidos y su comparación con las variantes emergentes en las distintas zonas geográficas.
Esta plataforma es la única aprobada por Food and Drug Administration (FDA ?Estados Unidos-) tanto para su uso en diagnóstico como para secuenciación genómica de coronavirus y ya está siendo utilizado por laboratorios de referencia en Estados Unidos y en el mundo con esta finalidad.
Los problemas de la región para la secuenciación
América Latina enfrenta numerosas dificultades para llevar a cabo la vigilancia epidemiológica debido, entre otras cosas, a la importación de reactivos, el estado y la actualización de equipamientos. Ello impacta en la transmisión y aporte de datos a la plataforma internacional Gisaid, en la que investigadores de diferentes países, entre los que también se encuentra la Argentina, comparten información en tiempo real sobre la circulación del virus del SARS-CoV-2.
Hasta el 5 de enero de 2021, el Reino Unido fue el país que lideró los esfuerzos mundiales de lo que se conoce como “vigilancia genómica del nuevo coronavirus (SARS-CoV-2)”, ya que, de las 323.000 secuencias publicadas en la plataforma Gisaid, 137.000 (42%) tienen origen británico.
Ello hizo posible la identificación, con relativa rapidez, del surgimiento de la nueva variante B.1.1.7 (la cepa británica), considerada entre un 50% y un 70% más transmisible que la originaria de Wuhan, China.
Esta nueva cepa fue detectada por primera vez en Brasil el 31 de diciembre, por investigadores del Instituto de Medicina Tropical (IMT) de la Facultad de Medicina de la Universidad de San Pablo (FM-USP) y de la red de laboratorios Dasa, en muestras de dos pacientes sospechosos de COVID-19 tratados en la ciudad de San Pablo.
Para comprender las dificultades que atraviesan los países de la región cabe destacar que Brasil ha secuenciado sólo el 0,024% de los casos confirmados en el país (el porcentaje se calculó sobre la base de datos de la Universidad Johns Hopkins), mientras que en el Reino Unido esta tasa alcanza el 5%.
Aún así, el país está mucho más avanzado que los países de la región sudamericana, como Argentina (0,003%), Colombia (0,013%) y Venezuela (0.010%), y está detrás de otros países emergentes, incluyendo India (0.042%), México (0.096%) y Sudáfrica (0,256%).
