Investigadores de las universidades de São Paulo (USP) y Chile han desarrollado una herramienta de georreferenciación en línea que facilita la vigilancia de epidemias, como covid-19, al permitir visualizar la geolocalización en el tiempo de los casos de infección, muerte o personas vacunadas contra la enfermedad en Brasil.
La plataforma permite a los gestores sanitarios realizar un seguimiento de los brotes o la distribución de vacunas a diferentes niveles, como en un edificio estatal, urbano, vecinal, callejero e incluso residencial.
El desarrollo, denominado Outbreak, fue posible con el apoyo de la FAPESP (Fundación de Amparo a la Pesquisa del Estado de Sao Paulo, por sus siglas en portugúes) y está disponible de forma gratuita.
“La herramienta fue creada para facilitar la visualización de datos epidemiológicos por parte de los gestores de salud y así ayudarles a identificar dinámicamente los cambios en la evolución de la epidemia, como aumentar el número de infectados en una región, rastrear los brotes en tiempo real y tomar decisiones para minimizar los efectos”, dijo Helder Nakaya, subdirector de la Facultad de Ciencias Farmacéuticas (FCF-USP) y coordinador del proyecto.
Paneles epidémicos
Según el investigador, ya hay paneles epidémicos basados en la web que muestran conjuntos de datos de vigilancia pandémica covid-19, como los construidos por las universidades de Harvard, Johns Hopkins y Virginia en los Estados Unidos, y la Organización Mundial de la Salud (OMS). Aunque la mayoría utiliza datos de código abierto, se ejecuta en plataformas propietarias, que a menudo son costosas y difíciles de construir y requieren conocimientos computacionales específicos. Además, los usuarios no permiten que escriban datos.
Con el fin de superar estas limitaciones, la plataforma Outbreak permite incluso a los usuarios no expertos introducir datos más convenientemente y en una plataforma más fácil de usar.
“Cualquier conjunto de datos, como los proporcionados por quién, ministerio de salud, departamentos estatales o recogidos por una Unidad Básica de Salud [UBS], pueden insertarse en la herramienta para ser visualizados dinámicamente, a través de mapas y animaciones, y con representación gráfica de la línea de tiempo y la geolocalización de los casos de infección, muerte o vacunación, por ejemplo” , dice Nakaya.
En el sitio web de la herramienta hay un tutorial de texto y vídeo con una descripción detallada de cómo usarlo.
Los datos que se insertarán en la herramienta deben estar disponibles en un archivo de texto delimitado por tabuladores, como una hoja de cálculo de Excel, con columnas fijas con indicaciones de coordenadas geográficas (latitud y longitud), fecha y casos de personas infectadas, asesinadas o vacunadas contra COVID-19, por ejemplo.
Evolución geográfica
Sobre la base de estos datos, los responsables de la toma de decisiones y los epidemiólogos pueden verificar la evolución geográfica de los casos a lo largo del tiempo y clasificarlos por criterios como la etnia, el género y la edad, entre otros.
Para que los conjuntos de datos sean gráficamente claros para la exploración, la herramienta permite a los usuarios aplicar diferentes colores a cada variable de interés y utilizar la función de zoom para una vista más refinada.
“Un gerente de UBS puede insertar en la herramienta una hoja de cálculo con la dirección de las personas diagnosticadas o vacunadas contra el COVID-19 en su región de funcionamiento, por ejemplo, y comprobar a través de la plataforma donde están surgiendo nuevos casos de la enfermedad o donde hay menos personas vacunadas y enviar agentes de salud para intervenir in situ”,dice Nakaya.
Epidemiología digital
Además de ayudar en el seguimiento de las epidemias, el brote puede utilizarse para tratar cualquier tipo de datos y estudios, como la población y la migración animal.
La herramienta es uno de los medios que han sido utilizados por investigadores del Laboratorio de Biología de Sistemas Computacionales de FCF-USP, dirigido por Nakaya, para explorar un área de estudios llamada epidemiología digital. El nuevo campo se caracteriza por la incorporación de tecnologías digitales para analizar factores que determinan la frecuencia y distribución de los casos de enfermedad.
A través de la historia de la localización de los teléfonos móviles, los investigadores del laboratorio analizaron los patrones de movilidad durante la pandemia COVID-19 en Brasil y para monitorear, en tiempo real, la adhesión de la población a las medidas de distanciamiento social.
“A través de estos datos, proporcionados por los propietarios de teléfonos celulares de forma voluntaria, es posible correlacionar la movilidad con la transmisibilidad de la enfermedad”, dice Nakaya.
Más recientemente, dos estudiantes de doctorado del laboratorio iniciaron un proyecto en el que analizaron los temas más buscados en Google al comienzo de la pandemia COVID-19 en Brasil y en la segunda y tercera oleada de la enfermedad en el país.
Los análisis, aún no publicados, revelaron que al inicio de la pandemia en el país, en marzo de 2020, los temas más buscados por la población brasileña eran acerca de las actividades a realizar en casa, como aprender a tocar un instrumento musical, un idioma y coser o cocinar. A medida que avanzaba la pandemia, la búsqueda de estos temas disminuyó gradualmente.
“Cuando comenzaron a surgir los primeros casos de muerte por la enfermedad en Brasil, la gente realmente comenzó a buscar cosas que hacer en casa. En la segunda y tercera ola de casos, ha habido mucho interés en actividades para entretenerse en casa y aumentar el movimiento de personas en las calles”, dice Nakaya.
También se analizaron los datos sobre el número de automóviles que pasaron por los peajes al principio y después de la enfermedad en el país. Los análisis indicaron que, al inicio de la pandemia en el país, la circulación de automóviles en el país disminuyó considerablemente, y después de un tiempo los vehículos comenzaron a circular por las carreteras a los mismos niveles que antes.
“La idea es que estos datos obtenidos a través de tecnologías digitales puedan ser traducidos por los gerentes de salud en acciones para controlar la epidemia”, dice Nakaya.
El artículo Brote: una herramienta en línea de georreferenciación fácil de usar para la vigilancia de enfermedades, de Raúl Arias-Carrasco, Jeevan Giddaluru, Lucas E. Cardozo, Felipe Martins, Vinicius Maracaja-Coutinho y Helder I. Nakaya, se puede leer en la plataforma arXiv en https://arxiv.org/abs/2004.10490.
Fuente: Fundación de Amparo a la Pesquisa del Estado de Brasil (FAPESP).
